Le bassin versant de la Péruse est un affluent rive droite de la Charente. A cheval sur 2 départements (les Deux-Sèvres et en grande majorité la Charente), la Péruse possède un réseau hydrographique de 23,9 km et s’étend sur une superficie de près de 146km². Il se place dans une plaine sédimentaire très rurale où l’activité agricole prédomine.

Le cours de la Péruse s’effectue sur des terrains calcaires d’âges bajocien et bathonien (jurassique moyen). Ces calcaires sont très sensibles à la karstification.

 Il en résulte un cours très sinueux entaillant le plateau de 20 à 30 mètres et la présence de nombreuses zones de pertes qui font de la Péruse un cours d’eau intermittent entre Vaussais et Péruse, une petite rivière permanente entre Montjean et Londigny, puis de nouveau un ruisseau temporaire, à sec en été, entre Bernac et Ruffec.

Les eaux souterraines de la Péruse, entre Bernac et Ruffec, circulent dans un important réseau karstique qui a plusieurs exutoires dont le principal se situe dans la vallée de la Charente à Condac entre le bourg et Refousson et alimente directement le fleuve.

Enfin, une importante résurgence se trouve au pied du château de Ruffec et forme une rivière permanente appelée le Lien.

La Péruse ne rejoint le Lien qu’en période de crue. Ce dernier va rejoindre la Charente sur sa rive droite après un cours méandreux d’environ 2,5 km à Condac entre le bourg et Rejallant.

Au cours des années 1950 à 1980, la politique agricole a conduit à la modification physique du cours d’eau par des travaux de recalibrage et de rectification.

Les travaux de recalibrage correspondent à un élargissement et à un creusement du lit mineur à l’aide de pelles mécaniques pour lui donner un profil transversal homogène. Ce type de travaux a été utilisé de manière très fréquente dans les zones rurales afin de diminuer la fréquence de submersion des terres.
De plus, il est fréquent que le tracé naturellement sinueux du cours d’eau, est été artificiellement rectifiés, en particulier lors des périodes de remembrement agricole pour linéariser les parcelles agricoles.